Die Geschäftsleitung und die Administration der Stiftung Phönix Zug befinden sich an der Geschäftsstelle.

Die Geschäftsstelle unter der Führung der Geschäftsleitung übernimmt einen Grossteil der administrativen Aufgaben für die Betriebe und hat die Aufgabe, die Stiftung Phönix Zug nach aussen zu vertreten. Sie ist Ansprechpartnerin für externe Stellen. Die Geschäftsstelle ist zuständig für das Spendenwesen, die Öffentlichkeitsarbeit, das Qualitätswesen, die Buchhaltung, das Personalwesen und stellt die Verfügbarkeit der IT-Infrastruktur sicher.